己有的案件，而且愈演愈烈，最终引发了万历元年的移民大骚乱。
好在当时的人口还不算很多，又有郑若曾和沈京这两位干吏坐镇，他们迅速调集军队，平息了叛乱，并施以雷霆手段，处死了所有杀人强奸者，并将参与抢劫者流放棉兰老岛，在那里，对华人满怀仇恨的土著居民会好好的招待他们。
反思这次骚乱，两人一致认为，现行的先到先得的土地政策，已经不适应人口激增的速度，在经过一番讨论，并报经北京的沈默同意后，两人宣布了三条法规，这也被视为日后吕宋能良性发展，充满希望的关键所在：
第一，私有财产神圣不可侵犯，任何已经在官府登记造册过的田产住宅，都得到东南总督府的保护，任何敢于侵犯他人财产者，都将遭到重刑处罚。
第二，自法规颁行之日起，原先的土地规定作废，所有无主土地由总督府统一分配，任何个人不得私自开垦。
第三，所有未分配土地的移民，必须服从总督府的统一安排，否则视同放弃土地权利。
三条法规颁行，自然引起新移民的不满，许多人甚至扬言要回去，对此总督府宣布来去自由。但移民们本就是在国内活不下去了，才千辛万苦的抵达了这里，怎会在希望彻底破裂前放弃呢？所以最后真回去的寥寥无几。
将分配土地的权力收回只是第一步，更大的考验是如何分好蛋糕，并且杜绝狭隘宗族观念的毒瘤。沈京采取了双管齐下，首先通过大量的清丈调研，尽可能将待垦土地均衡划分成一个个大农场……对于地理位置稍差的，在面积上多做补偿，尽量做到每一个农场大差不差。然而每个农场分配一千丁口，每个丁口均分农场的土地，这样大约三四百个家庭，便被分配到一个农场中。
农场的土地归所有家庭集体所有，每个家庭都会按照丁口，得到一定比例的土地。对于名下的土地，个人可以永久耕种，但没有买
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