政务，暂未设尚书令，以魏征为尚书左仆射，迁裴矩为尚书右仆射。
下设六部尚书，分掌吏、户、礼、兵、刑、工各任。六部尚书及副手侍郎等职的出任臣工，均由李善道亲自选定，或为旧臣，或为新臣，俱一时之选，无不才干出众之士。
各部既定，政务井然，朝野上下，气象一新。
又设门下省，以于志宁为长吏纳言，掌审议封驳，确保政令通达无阻。又设内史省，掌机要诏令，与尚书省一样，暂也未设长吏，任薛收为内史侍郎，王宣德等为内史舍人等。
三省六部以外，又设主掌监察百官、弹劾违法的御史台，与负责审理重大案件的最高司法审判机构大理寺等机构；又设分掌祭祀、膳食、仪仗、王室事务、车马、外交、农业、财政等具体事务的太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺的等机构，——这九个机构合称“九寺”，长吏称卿，副手称少卿；又设负责教育的国子监、手工业制造的少府监、工程建设的将作监、兵器制造的军器监、水利和航运的都水监等机构，——合称“五监”，长吏称监，副手称少监；又设管理仓储的太仓监等等。
也是分别从老臣与新臣中，选择了合适的可用之才，任为这些机构的官吏。
李善道起事已经两年多了，直到现下，这才算是从形式上正经地构建起了新朝行政的骨架。
军制改革方面，李善道采纳屈突通等人的方案，裁汰冗兵，强化精锐，并亦依隋制，完善确立了卫府军的制度，设立了十六卫府，分掌宫禁宿卫及征伐之事。
每卫府设大将军一人，副将两人。
以刘黑闼为左卫大将军，以屈突通为右卫大将军，王须达、李靖、黄君汉、高曦、高延霸、宋金刚等等诸将，分别出任其它各卫府的大将军之职。各卫府副将亦由李善道精心挑选，也是糅合了老臣、新臣。并及各卫
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