然而，神族渐渐**，人类终于爆发起义，天帝下令镇压遭到人类顽强抵抗，天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍，黄帝被尊为新的人皇。女娲下人界后不久天帝也下凡。
不周山天柱因共工而倒，女娲以五彩石女娲石补天，用轩辕氏遗留的轩辕剑砍蓬莱巨龟四足以撑天。
北方蛮族与南方苗族战争，蛮族法师作法请神明帮忙，天帝就派了水火风雷四神和魔女旱魃前去，结果毁灭了大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗神界。
女娲将五灵降服，将五大灵珠混以补天的五彩石炼制了五灵珠（只有女娲及其后人能催动灵珠的灵力，灵珠灵力一旦耗尽便会在灵气聚集之地形成新的灵珠）。
飞蓬将风灵珠赠与夕瑶。
新仙界，魔尊重楼和神将飞蓬私自开始决斗，旷日持久，重楼麾下溪风和天界追捕飞蓬的神官水碧不打不相识，一见钟情，于是临时起意，逃往人间。
共工引天河水下人界，女娲阻洪水，溪风和水碧在洪水中用天空城收容残余人族，轩辕剑在洪水后下落不明[3 。残存人类的命运得到挽救。
天帝返回天界，省思后觉得神族也有不对之处，于是下令所有神族回到天界，封闭天界之门，神不得任意到人界。从此人神二界完全隔绝。其佩剑——三神器之一的伏羲剑留在人间。
不久女娲力竭死去。留下三神器之一女娲血玉。其三圣器——圣灵珠圣灵披风和天蛇杖留给后人（圣灵珠被水碧保管），后代（即女娲族）一直留在人间，世代守护人类。
上古傲世剑仙铸天绝剑，上刻乱世出妖魔，傲世啸天绝十古字。
无尘剑亦为上古神剑。
后羿射日，死后射日弓归于封神陵，于句芒看管。
神界地气异变，神树爆长万丈。根系深入盘古之心，盘古之心
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