处得《农书》草稿数十卷，日夜抄录。灿然成《农政全书》六十卷。并作《凡例》，概述《农政全书》基本宗旨、各篇主要内容、思想渊源和徐光启的独到见解。同时抒发了他本人的社会经济主张。
面对着明末农民大起义的燎原之势和清军的步步进逼，为挽救明朝国运，陈子龙最终还是放弃个人打算，于崇祯十三年六月，出任浙江绍兴府司理，不久开始兼代理诸暨知县。在官之日，由于他的辖区连年水患成灾，饥民蜂起，为了维护当地社会稳定，他刚柔并用，剿抚兼施，一边“力行保甲，设互首之法，申连坐之令”，平定饥民暴动；一边亲司赈事，救济饥民，立粥厂，设药局，养老幼，医病疾，收死骨，救活十几万人。
崇祯十七年初，陈子龙因招抚浙江东阳县诸生许都暴动有功，授兵科给事中。但许都投降后，由于浙江巡按左光先不顾陈子龙的再三要求，违背当初许下的只要许都自缚来降，“当待以不死”的诺言，在许都率众出山投降之后将许都及部众六十余人杀死。对此，陈子龙很是不满；又闻祖母病甚笃，便没有去赴任，于三月乞身归里。
崇祯上吊死了后，朱由崧在南京接过这个烂摊子。陈子龙也在老师黄道周的推荐下出任新朝兵科给事中。兵科给事中虽然只是七品，但是可以直议国防要务，陈子龙在朝五十多天，上书三十多次，提出大量有价值的建议，但是弘光帝这时被东林党和阉党的斗争弄得焦头烂额，哪有闲工夫管其他的事。陈子龙对朝政失望之极，同时由于自己的直言触犯了马士英、阮大铖等人，受到排挤，因此借故再次辞职回乡。
没想到弘光朝更是个短命的朝廷，只维持了一年，就在弘光元年五月被清军灭亡。陈子龙在家得知消息后，和好友夏允彝一起组织了几百人的乡勇，准备抵抗清军。
就在陈子龙准备在家乡迎击清军的时候，清军在嘉定被明军全部消灭的消息传了过来，松江府得以保全
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