有几个原因，首先朱棣迁都北京，直接导致南京明故宫的荒废。虽然当时南京是明朝首都，但由于皇帝在北京，所以如此之大的明故宫只有极少数维护人员，后来明中期遇到大火、加上地基下沉等各种人力不可抗拒因素，导致明故宫遭到荒废。还有传言说，朱棣从南京明故宫拖走了很多石料，也破坏了一些明故宫，但这种看法不靠谱，毕竟运费太高了，不如从北京周边就地取材来得便宜。
其次，清军肆意破坏，直接导致明故宫面目全非。清军攻占南京之后，就开始了蹂躏明故宫。首先，南京故宫已经被清廷改成满城，旗人都居住在原本的南京故宫里面。其次，对南京故宫进行大规模的改动，一些大殿之类的改成了将军和都统衙门，还有部分大殿被拆毁，改建成一栋栋居民的住房，用来供给旗人居住。基本上清军修房子，只要缺什么材料，都会从明故宫里拆毁，在满清统治的二百多年里，被毁的不知道多少。
第三，清末太平天国运动爆发，太平军与驻扎在明故宫的满军有过比较激烈的战斗，由于明故宫里都是满人，而太平军是要杀光他们的，所以在这种战斗中，昔日皇宫成为战场，明故宫遭受的第三场浩劫开始了。后来，为了修建天王府以及其他诸王的府第，对明故宫进行不少拆毁。
另外，在后来的岁月里，南京明故宫也陆续遭到了洋人与国人的破坏，最终如今只剩下明故宫公园一个残景，和几个作为满城的证据“蓝旗营”、“蓝旗街”等地名。想想朱元璋驱除鞑虏建立大明，他居住的宫殿，竟被他驱除的对象居住了二百多年，而他只居住了二十多年，真是一场心痛和耻辱。
不过在这个时空里满清可没有了那种好运气，南京这里满清只占了三年，现在南京故宫还大体完整，只是其中几个大殿被满人临时改成将军衙门。不过在朱宏三拜祭孝陵的时候，东厂大太监李承恩早已经带着东厂一些虎狼对紫禁城里来了一次清剿，大部分满
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